该技术规范要求，医院应尽量采集病例发病早期的呼吸道样本，上呼吸道样本包括咽拭子、鼻拭子、鼻咽抽取物、咽漱液和鼻洗液，下呼吸道样本包括痰液、气管吸取物、肺洗液、肺组织等;可将鼻、咽拭子收集于同一采样管中，以便提高检出率;患者有下呼吸道样本时，应优先采集。样本采集、包装后，用密封容器立即送往实验室，尽快进行检测，24小时内能检测的样本可置于2 8℃状态暂时保存，24小时内无法检测的样本则应置于 -70℃状态保存。该技术规范还对检测过程可能出现的假阳性和假阴性进行质量控制。
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